杀菌锅的用水最好使用纯净水或者软化水，如果长时间使用钙镁离子超标的水，杀菌锅会结水垢，水垢会让管道变细，影响水流的通过。水垢还有可能堵塞喷嘴或者淋水孔，使杀菌锅出现热分布不均匀等故障。
电加热的杀菌锅会因为水垢烧坏电热管，或者出现加热时间过长等问题。
杀菌锅用的水质很好没有结白色的水垢，但是杀菌锅内出现了红色或者黑色污染物，有些厂家甚至质疑杀菌锅材质，说不锈钢的杀菌锅生锈了。真正的原因其实是蒸汽管道内的锈水进入到杀菌锅内造成的，在蒸汽进杀菌锅前合理加分汽缸接疏水阀，或者合理的做蒸汽管道的保温可以有效解决这个问题。
酸洗配方比例：容积1立方配1吨水+30kg磷酸；
（1）将水与磷酸混合搅拌均匀，用给水泵将磷酸水抽入锅内，每隔一个小时循环10-15分钟，加温至40度左右，清洗12小时；
（2）清洗结束后，用给水泵抽入与锅相等容积里的清水，循环洗至少三遍（注：磷酸水解除到的地方必须用清水冲洗干净，否则容易造成腐蚀）。
